El test denominado reacción en cadena de la polimerasa de transcriptasa inversa (rRT-PCR, por sus siglas en inglés) es considerado el más eficiente para detectar el genoma del virus SARS-CoV-2, sobre todo en la fase aguda de la infección. Sin embargo, no es un método infalible.

Un trabajo del bioquímico y biólogo médico Pablo Goldschmidt analiza los escollos que pueden surgir a la hora de realizar estas pruebas que pueden redundar en resultados falsos.

¿A qué se deben los resultados falsos?

Los resultados falsos de rRT-PCR pueden deberse al momento y eficacia de la toma de la muestra, la congelación y el tipo de almacenamiento. También, a la descongelación y la inactivación térmica de la virulencia.

Por otra parte, las muestras con escaso material biológico propician el desarrollo de conclusiones negativas falsas. De este modo, determinar un umbral (número mínimo de células epiteliales) contribuye a reducir este error.

La mayoría de los test detectan ADN humano, pero no fueron calibrados para cuantificar la carga celular viral. Asimismo, los ácidos ribonucleicos nucleares (ARN) virales adheridos a guantes, tubos y gorros, entre otros elementos, son fuente de falsos positivos.

Por lo general, se sugiere que la contaminación externa se controle en series de 100 muestras con al menos una representatividad del 10%. Si se extrapola esta aproximación al laboratorio de análisis clínicos, en lugar de uno se deberían procesar al menos 10 controles negativos contiguos a 10 positivos cada 100 pruebas. Por eso, para mejorar la detección por rRT-PCR se necesitan recursos adicionales.

Uso de guantes y contaminación cruzada

La detección de virus se ve afectada por el momento de la toma de la muestra (antes o después de la aparición de los síntomas), la calidad de los procedimientos de toma de muestras (hisopos nasofaríngeos y orofaríngeos) y las soluciones para el transporte y la conservación viral.

Después de la toma de muestras, los tubos que contienen virus ARN requieren un cuidado especial, debido a la degradación del ARN. La inactivación de la infecciosidad que se realiza en varios laboratorios a 56ºC altera la integridad del ARN viral y afecta la calidad de los resultados, principalmente en muestras con carga viral baja.

Por otro lado, las muestras están expuestas a la contaminación cruzada (por ejemplo, del ARN viral que puede adherirse a los guantes). Los hisopos con secreciones mucosas, células potencialmente infectadas y partículas virales libres, se deben introducir en tubos que deben ser cerrados con firmeza. Si el profesional que lo hace lleva guantes contaminados con microgotas virales, puede contaminar las muestras. Por tal motivo, numerosos centros de muestreo desinfectan los guantes, pero las sustancias utilizadas a tal fin no eliminan los ácidos nucleicos adheridos.

Una posible solución

El cambio de guantes después de la toma de muestras de cada persona es poco factible, con presupuestos sanitarios restringidos. Además, el costo de los productos que destruyen ácidos nucleicos es muy alto.

Frente a este obstáculo, una opción es disponer de una solución estándar de ácido clorhídrico (ácido clorhídrico 1 normal, útil para destruir ácidos nucleicos) preparada a diario. Se impregnan trozos de gasa estéril con la solución y se las pasa en superficies potencialmente contaminadas después de desinfectarlas con agentes biocidas.

Este procedimiento, si bien es viable desde el punto de vista de los costos, puede ser difícil de implementar en la práctica, ya que puede percibirse como una complicación dentro de la rutina del sector.

Amplificación de genes

Los kits de rRT-PCR comercializados en la actualidad no muestran reacciones cruzadas con otros virus respiratorios, excepto para el gen E del SARS-CoV-1. Por eso, la detección de una sola señal no es suficiente para considerar positiva la rRT-PCR.

Se consideran positivas las muestras que detectan un mínimo de dos o tres señales del genoma del virus S, M, E y N. Los resultados discordantes en pacientes sintomáticos requieren el procesamiento de una muestra nueva.

Asimismo, dado que las muestras obtenidas para el análisis son extremadamente reducidas (5 o 10 μl), se requieren precauciones para evitar el ingreso de microburbujas de aire a las puntas de las pipetas (difíciles de detectar por el ojo humano). Es preciso considerar que poco material disponible para analizar puede originar falsas conclusiones.

Poca precisión diagnóstica en los días inmediatamente posteriores a la exposición al virus

Siete estudios presentaron resultados de rRT-PCR desde el inicio de aparición de los síntomas o de posibles contactos a partir del día en el cual se estimó la infección con SARS-CoV-2 (personas expuestas y trabajadores de la salud).

Esos estudios demostraron que, durante los cuatro primeros días de la infección y antes del momento de aparición de los síntomas (día 5), la probabilidad de un resultado falso negativo en una persona infectada es alta.

El día de la aparición de los síntomas, la tasa media de falsos negativos fue del 38% y disminuyó al 20% el día 8 (tres días después de la aparición de los síntomas). Luego, comenzó a aumentar de nuevo, de 21% el día 9 hasta el 66% el día 21.

De lo anterior, se deduce que las rRT-PCR añadieron poca información diagnóstica en los días inmediatamente posteriores a la exposición al virus. Para reducir las conclusiones erróneas se sugirió tomar muestras uno a tres días después de la aparición de los síntomas. No obstante, en caso de sospecha clínica elevada y en contextos de transmisión viral, no debe descartarse la presencia del virus únicamente sobre la base de resultados negativos de rRT-PCR.

Resultados falsos tras dos semanas de exposición al virus

Informes procedentes de China mostraron resultados falsos negativos durante un período de hasta dos semanas post exposición. En análisis realizados sobre muestras repetidas se informaron resultados falsos negativos entre el 2% y el 33% de las muestras analizadas.

Por ello, el artículo señala que, en los primeros días de la infección viral por SARS-CoV-2 o de cualquier otro virus respiratorio, los resultados negativos de las pruebas de rRT-PCR deberían ser considerados marcadores necesarios, pero no suficientes, para eliminar las precauciones destinadas a evitar la transmisión de la infección.

En caso de duda, la tomografía computarizada (TC) torácica ofrece imágenes patognomónicas que ayudan, en ciertas circunstancias, a aclarar el diagnóstico. Aunque es necesario destacar que se informaron TC torácicas normales en personas con rRT-PCR positivas.